In Bern wütet um 1350 die Pest – mit verheerenden Folgen. Dies dürfte den späteren Entscheid der verwitweten, kinderlosen Bernburgerin Anna Seiler entscheidend beeinflusst haben: sie betreute zu jener Zeit Kranke im «Spital vor den Predigern» in Bern. Am 29. November 1354 legt Anna Seiler ihr Testament ab und stiftet ein Spital mit 13 Betten, das «stets und ewig» Bestand haben soll. Kurz vor dem 14. August 1360 – das genaue Datum ist nicht überliefert – stirbt Anna Seiler. Das «Spital vor den Predigern», an der heutigen Zeughausgasse in Bern gelegen, wird unter dem Namen Seilerin Spital weitergeführt.

1531 zieht das «Seilerin-Spital» mit mittlerweile 34 Krankenbetten in das leerstehende Kloster der Dominikanerinnen St. Michaels Insel. Von diesem Gebäude, am Standort des heutigen Bundeshauses Ost gelegen, bezieht das Inselspital seinen Namen. Das «Insel»-Spitalgebäude brennt 1713 vollständig nieder. Fünf Jahre später wird an gleicher Stelle mit dem Wiederaufbau begonnen. Im Jahr 1724 wird das neue Spital eröffnet – und ist einem «königlichen Palast ähnlicher denn einem Hospital». Es bietet Platz für die Behandlung von 70 Erwachsenen und 12 Kindern. Mit dem Einfall der Franzosen 1798/99 dient die «Insel» den Truppen Napoleons als Militärspital und fehlt so den knapp 20 000 Bernerinnen und Bernern für die medizinische Versorgung.

1809 enteignet der Kanton Bern der «Insel» das Vermögen. Aufgrund dieser Enteignung verliert das Spital zwar seine Selbständigkeit, dafür aber findet die Zeit als Militärspital ihr Ende. Das Spital steht nun wieder der Zivilbevölkerung offen. 1841 erlangt das Spital seine Autonomie zurück. In einem Dotationsvertrag mit dem Kanton Bern werden die gegenseitigen Rechte und Pflichten verankert. Die «Insel» übernimmt nun erstmalig die Ausbildung von Medizinstudenten und führt tägliche «Krankenschauen» ein, an denen «Heilkundige sowie Bruch- und Steinschneider» teilnehmen.

Um 1880 platzt die «Insel» aus allen Nähten; die Infrastruktur des Spitals vermag mit den steigenden Patientenzahlen und immer neuen medizinischen Anforderungen nicht mehr Schritt zu halten. Auf dem der Stiftung gehörenden «Kreuzmatt-Areal», dem heutigen Standort des Inselspitals, wird 1885 ein neues Spital mit 340 Betten bezogen. Die Patienten werden weiterhin unentgeltlich behandelt. Recht bald ist allerdings auch das neue Spital überbelegt.

Zwischen 1958 und 1978 erfolgt ein umfangreicher Umbau der «Insel». Grosse Teile der Spitalbauten von 1884/85 werden abgerissen; das Inselspital erhält ein neues Gesicht. Es entstehen das Bettenhochhaus, der Operationstrakt, Personalhäuser, das Wirtschaftsgebäude, das Labor- und Werkstattgebäude, der Polikliniktrakt 1 und die neue Kinderklinik.

Im Jahr 1990 gibt sich das Inselspital eine neue Struktur und betritt damit europaweit Neuland. Das Spital wird nun nach unternehmerischen Grundsätzen geführt. Die ärztlichen sowie pflegerischen Bereiche werden in die Gesamtführung eingebunden. 1999 folgt eine weitere Strukturanpassung: die fast 40 Universitätskliniken und -institute des Inselspitals werden in neun teilautonomen Departementen zusammengefasst. Davon profitieren vor allem die Patienten: die Behandlungsprozesse werden ganzheitlicher und optimaler. Ende 2009 beschliesst die Kantonsregierung den Zusammenschluss von Inselspital mit den Spitälern der Spital Netz Bern AG. Das Projekt «Stärkung des Medizinalstandorts Bern SMSB» bezweckt, die steigenden Kosten im Gesundheitswesen zu optimieren und im interkantonalen Spitalwettbewerb bestehen zu können.

Nach zwölfjähriger Bauzeit wird im Mai 2012 das neue Intensivbehandlungs-, Notfall- und Operationszentrum (INO) eröffnet. Das INO ersetzt die Operationstrakte Ost und West aus den Sechziger- und Siebzigerjahren des letzten Jahrhunderts. Im Neubau untergebracht sind auf einer Fläche von insgesamt rund 50 000 Quadratmetern neben Operationssälen und dem Notfallzentrum auch die zentralen Labors des Spitals, die zentrale Sterilgutversorgung, die Intensivmedizin, die Radiologie und die Nuklearmedizin sowie verschiedene Untersuchungs- und Spezialräume.

2015 wird in einer Volksabstimmung der sogenannte Masterplan Inselspital gutgeheissen. Damit kann das Inselspital auch in Zukunft baulich mit der rasanten medizinischen Entwicklung schritthalten. Zusätzlich werden mit den im Masterplan enthaltenen Massnahmen hochwertige Aussenräume erhalten und neue erschaffen sowie wichtige historische Gebäude geschützt.

Am 1. Januar 2016 fusioniert das Inselspital mit den Spitälern der Spital Netz Bern AG (Spitäler Aarberg, Münsingen, Riggisberg Tiefenau und Ziegler sowie Spital und Altersheim Belp) zur Insel Gruppe AG. Durch diese Vernetzung entsteht das erste und grösste medizinische Vollversorgungssystem der Schweiz.

Im Januar 2023 übernahm die Insel Gruppe das Berner Reha Zentrum (BRZ). Der Verwaltungsrat der Insel Gruppe übernahm ab diesem Zeitpunkt die Tätigkeiten des bisherigen Verwaltungsrates des BRZ.

Am 22. März 2023 kündigt die Insel Gruppe die Schliessung der Spitäler Münsingen und Tiefenau an. Mit der Konsolidierung der Angebote soll den zunehmenden Herausforderungen des Fachkräftemangels entgegengewirkt und das Personal an weniger Standorten gestärkt werden. Die Schliessung des Spitalbetriebs in Münsingen erfolgt per Ende Juni 2023, jene des Spitalbetriebs in Tiefenau per Ende 2023.