Die gravierenden Schäden an der Südfassade der Frauenklinik wurden im Juli 2007 kurz nach Ablauf der Garantiefrist entdeckt. Den Baumängeln lagen Planungsfehler zugrunde, welche vom Generalunternehmer zu verantworten waren, den der Kanton als Bauherr beauftragt hatte. Das Gebäude wurde 2009 punktuell saniert. Die von externen Ingenieuren überwachte Statik des Gebäudes hat sich seither nicht verändert.

Im Hinblick auf eine zweckmässige und zügige Behebung der Mängel hat der Verwaltungsrat des Inselspitals und der Spital Netz Bern AG entschieden, auf den Bau des ursprünglich geplanten Ersatzgebäudes zu verzichten. Stattdessen wird die Frauenklinik für die Dauer der Arbeiten in das Organzentrum (auf Baufeld 6.1) verlegt, mit dessen Bau bereits im Frühling 2015 begonnen werden soll. Das neue Gebäude kann voraussichtlich Anfang 2018 bezogen werden.

Mit dieser Lösung lassen sich alle Patientinnen und ihre Kinder im gleichen Gebäude unterbringen. Dem Entscheid ging ein sorgfältiges Abwägen aller Interessen voraus. Im Vordergrund standen die Sicherheit von Patientinnen und Mitarbeitenden sowie die Sicherstellung des Versorgungsauftrags. Weitere wichtige Aspekte waren die zeitliche Realisierbarkeit und die Kosten. In der Frauenklinik kommen jährlich über 1500 Kinder zur Welt. Das Gebäude beherbergt heute eine der führenden Neonatologie-Abteilungen (Versorgung von Problem- und Frühgeburten) der Schweiz.