1998 bis 2002 liess der Kanton das Gebäude der Frauenklinik erstellen. Im Sommer 2002 hat das Inselspital den Klinikbetrieb im Frauenklinik-Gebäude aufgenommen. Seither behandelt die Frauenklinik jährlich 4000 Patientinnen und in der Neonatologie (zusammen mit der Universitätsklinik für Kinderheilkunde) 2000 Frühgeborene. Pro Jahr finden rund 1300 Geburten statt, darunter viele
Risikogeburten, die eine enge interdisziplinäre Zusammenarbeit der verschiedensten Fachdisziplinen der universitären Spitzenmedizin erfordern.

Im Sommer 2007 stellte das Inselspital Schäden an der Tragkonstruktion der Südfassade fest. Der Hauptträger der Südfassade hatte sich um 5 Prozent verdreht. Im Januar und Februar 2009 wurden die Stützlager des Gebäudes mit acht Stahlzangen stabilisiert. Für die Verbesserung der Erdbebensicherheit
wurden im Mai und Juni 2009 an der Südfassade weitere 23 Stahlklammern angebracht. Die Südfassade wird zudem monatlich mit Messungen kontrolliert.